Η κατάταξη της ΚΑΣΤΟΡΙΑΣ από την στιγμή της ίδρυσης της μέχρι σήμερα, στα διάφορα πρωταθλήματα που συμμετέχει είναι η ακόλουθη:
ΚΑΤΑΤΑΞΗ
|
Περίοδος |
Κατηγορία |
Θέση |
Ν | Ι | Η | Τέρματα | Βαθμοί | Αποτέλεσμα |
| 1963-1964 | Β΄ Εθνική | 5η | 13 | 8 | 9 | 54-38 | 63 | Παραμονή |
| 1964-1965 | Β΄ Εθνική | 10η | 11 | 8 | 11 | 40-35 | 60 | Παραμονή |
| 1965-1966 | Β΄ Εθνική | 3η | 15 | 7 | 8 | 37-27 | 67 | Παραμονή |
| 1966-1967 | Β΄ Εθνική | 8η | 9 | 15 | 8 | 30-33 | 64* | Παραμονή |
| 1967-1968 | Β΄ Εθνική | 6η | 12 | 9 | 9 | 27-27 | 3633 | Παραμονή |
| 1968-1969 | Β΄ Εθνική | 16η | 9 | 9 | 16 | 26-49 | 61 | Παραμονή |
| 1969-1970 | Β΄ Εθνική | 4η | 17 | 8 | 9 | 56-34 | 76 | Παραμονή |
| 1970-1971 | Β΄ Εθνική | 2η | 18 | 11 | 5 | 43-15 | 81 | Παραμονή |
| 1971-1972 | Β΄ Εθνική | 5η | 17 | 9 | 12 | 50-29 | 81 | Παραμονή |
| 1972-1973 | Β΄ Εθνική | 2η | 20 | 10 | 8 | 49-24 | 88 | Παραμονή |
| 1973-1974 | Β΄ Εθνική | 1η | 28 | 5 | 7 | 83-29 | 61 | Προβιβασμός |
| 1974-1975 | Α΄ Εθνική | 11η | 10 | 10 | 14 | 40-64 | 30 | Παραμονή |
| 1975-1976 | Α΄ Εθνική | 13η | 4 | 14 | 12 | 21-45 | 22 | Παραμονή |
| 1976-1977 | Α΄ Εθνική | 10η | 12 | 7 | 15 | 32-45 | 31 | Παραμονή |
| 1977-1978 | Α΄ Εθνική | 15η | 10 | 8 | 16 | 33-42 | 28 | Παραμονή |
| 1978-1979 | Α΄ Εθνική | 9η | 10 | 11 | 13 | 31-42 | 31 | Παραμονή |
| 1979-1980 | Α΄ Εθνική | 14η | 10 | 8 | 16 | 34-41 | 27 * | Παραμονή και Κυπελλούχος Ελλάδος |
| 1980-1981 | Α΄ Εθνική | 14η | 12 | 6 | 16 | 43-56 | 30 | Παραμονή |
| 1981-1982 | Α΄ Εθνική | 8η | 13 | 8 | 13 | 38-43 | 34 | Παραμονή |
| 1982-1983 | Α΄ Εθνική | 18η | 7 | 6 | 21 | 31-58 | 20 | Υποβιβασμός |
| 1983-1984 | Β’ Εθνική | 11η | 14 | 9 | 15 | 42-43 | 37 | Παραμονή |
| 1984-1985 | Β’ Εθνική | 15η | 14 | 7 | 17 | 45-48 | 35 | Παραμονή |
| 1985-1986 | Β’ Εθνική | 8η | 12 | 14 | 12 | 41-42 | 38 | Παραμονή |
| 1986-1987 | Β’ Εθνική | 5η | 19 | 6 | 13 | 49-47 | 42 * | Παραμονή |
| 1987-1988 | Β’ Εθνική | 4η | 15 | 9 | 10 | 56-42 | 39 | Παραμονή |
| 1988-1989 | Β’ Εθνική | 7η | 12 | 10 | 12 | 33-39 | 34 | Παραμονή |
| 1989-1990 | Β΄ Εθνική | 4η | 13 | 13 | 8 | 38-34 | 39 | Παραμονή |
| 1990-1991 | Β΄ Εθνική | 10η | 11 | 10 | 13 | 40-45 | 32 | Παραμονή |
| 1991-1992 | Β΄ Εθνική | 17η | 8 | 8 | 18 | 31-42 | 24 | Υποβιβασμός |
| 1992-1993 | Γ΄ Εθνική | 11η | 12 | 10 | 12 | 42-40 | 46 | Παραμονή |
| 1993-1994 | Γ΄ Εθνική | 4η | 16 | 10 | 8 | 60-35 | 58 | Παραμονή |
| 1994-1995 | Γ΄ Εθνική | 1η | 17 | 9 | 8 | 60-28 | 60 | Προβιβασμός |
| 1995-1996 | Β΄ Εθνική | 3η | 16 | 7 | 11 | 44-38 | 55 | Προβιβασμός |
| 1996-1997 | Α΄ Εθνική | 18η | 1 | 5 | 28 | 13-81 | 8 | Υποβιβασμός |
| 1997-1998 | Β’ Εθνική | 18η | 4 | 8 | 22 | 19-61 | 20 | Υποβιβασμός |
| 1998-1999 | Γ΄ Εθνική | 11η | 3 | 3 | 16 | 18-47 | 10 * | Υποβιβασμός |
| 1999-2000 | Δ’ Εθνική | 4η | 15 | 6 | 9 | 46-34 | 51 | Παραμονή |
| 2000-2001 | Εθνική Ερασιτεχνική | 4η | 17 | 4 | 9 | 62-36 | 55 | Παραμονή |
| 2001-2002 | Δ’ Εθνική Ερασιτεχνική | 3η | 22 | 5 | 5 | 56-19 | 71 | Προβιβασμός |
| 2002-2003 | Γ’ Εθνική | 13η | 12 | 12 | 14 | 38-42 | 48 | Παραμονή |
| 2003-2004 | Γ’ Εθνική | 1η | 25 | 5 | 8 | 67-27 | 80 | Προβιβασμός |
| 2004-2005 | Β΄ Εθνική | 7η | 13 | 12 | 5 | 44-21 | 51 | Παραμονή |
| 2005-2006 | Β’ Εθνική | 7η | 10 | 10 | 10 | 28-28 | 40 | Παραμονή |
| 2006-2007 | Β΄ Εθνική | 4η | 16 | 9 | 9 | 55-40 | 57 | Παραμονή |
| 2007-2008 | Β΄ Εθνική | 15η | 10 | 9 | 15 | 26-41 | 39 | Παραμονή |
| 2008-2009 | Β΄ Εθνική | 18η | 3 | 11 | 20 | 29-61 | 20 | Υποβιβασμός |
| 2009-2010 | Γ’ Εθνική | 17η | 1 | 1 | 30 | 7-85 | 4 | Υποβιβασμός |
| 2010-2011 | Δ’ Εθνική | 4η | 24 | 4 | 6 | 92-28 | 70 | Παραμονή |
| 2011-2012 | Δ’ Εθνική | 13η | 5 | 1 | 22 | 26-61 | 14 | Υποβιβασμός |
| 2012-2013 | Α΄κατηγορία Ε.Π.Σ.Καστοριάς | 1η | 24 | 2 | 0 | 100-6 | 71 | Προβιβασμός |
| 2013-2014 | Γ’ Εθνική Ερασιτεχνική | 8η | 15 | 6 | 9 | 48-38 | 51 | Παραμονή |
| 2014-2015 | Γ’ Εθνική Ερασιτεχνική | 16η | 2 | 4 | 24 | 15-75 | 4 * | Υποβιβασμός |
| 2015-2016 | Α΄κατηγορία Ε.Π.Σ.Καστοριάς | 9η | 11 | 3 | 12 | 46-47 | 51 | Παραμονή |
| 2016-2017 | Α΄κατηγορία Ε.Π.Σ.Καστοριάς | – | – | – | – | – | – | – |
* Η Καστοριά προήλθε στις 6 Αυγούστου του 1963, από την συγχώνευση του Άρη Καστοριάς, που αγωνιζόταν στην Β΄ Εθνική, του Ατρομήτου και της Ορεστιάδας. Τις δύο πρώτες περιόδους (1963-1964 & 1964-1965) αγωνίστηκε σαν Άρης Καστοριάς και από την περίοδο 1965-1966 αγωνίστηκε σαν Α. Γ. Σ. Καστοριά.
* Η Καστοριά μηδενίστηκε μια φορά την περίοδο 1966-1967 και τις αφαιρέθηκαν ένας (1) βαθμός την περίοδο 1979- 1980, δύο (2) βαθμοί τις περιόδους 1986-1987, 1998-1999 & 2011-2012 και τρείς (3) βαθμοί την περίοδο 2012-2013 (απόφαση της FIFA)
* Η Καστοριά αποχώρησε από το πρωτάθλημα της Γ΄Εθνικής την περίοδο 2009-2010 και ξεκίνησε το πρωτάθλημα της Δ΄Εθνικής, την επόμενη περίοδο 2010-2011, με -6 βαθμούς.
* Η Καστοριά αποχώρησε από το πρωτάθλημα της Γ΄Εθνικής την περίοδο 2014-2015 και ξεκίνησε το πρωτάθλημα της Α΄κατηγορίας της Ε.Π.Σ.Καστοριάς, την επόμενη περίοδο 2015-2016, με -6 βαθμούς.